Il existe un cercle vicieux entre insuffisance cardiaque et fibrillation auriculaire, l’un favorisant l’autre et inversement. La prévalence de la fibrillation auriculaire chez les patients candidats à la resynchronisation biventriculaire est élevée et augmente avec la symptomatologie : 5% pour les patients en classe I de la NYHA, 10 à 25% pour les patients en classe II et III, 50% pour les patients en classe IV. La présence d’une fibrillation auriculaire réduit la probabilité de réponse après resynchronisation. En effet, une capture biventriculaire complète et permanente, pré requis indispensable à une réponse positive, est compromise chez les patients en fibrillation auriculaire. Un certain nombre de patients en fibrillation auriculaire présentent un rythme ventriculaire rapide et irrégulier incompatible avec une capture permanente. De plus, les patients en fibrillation auriculaire ne bénéficient pas d’une resynchronisation auriculo-ventriculaire, ce mécanisme expliquant à lui seul une partie de résultats positifs obtenus après resynchronisation chez les patients en rythme sinusal.

Chez le patient resynchronisé, il est nécessaire d’être relativement agressif sur le plan thérapeutique pour maintenir le rythme sinusal le plus longtemps possible ou pour contrôler les fréquences.

Les différentes options thérapeutiques incluent:

1. l’introduction d’une dose de charge d’amiodarone et la réalisation d’un choc électrique pour permettre le retour en rythme sinusal ;
2. un traitement par amiodarone ou l’ablation des veines pulmonaires et du substrat auriculaire gauche pour maintenir le rythme sinusal;
3. l’introduction d’un traitement ralentisseur pour contrôler la fréquence et favoriser une stimulation biventriculaire ; 
4. la programmation d’algorithmes spécifiques qui forcent la stimulation sur activité ventriculaire détectée ;
5. l’ablation du faisceau de His pour supprimer toute compétition entre rythme spontané et rythme stimulé.

L’ablation par radiofréquence de la jonction atrioventriculaire est un traitement validé permettant la restauration de fréquences cardiaques adaptées au repos comme à l’effort (couplée à la programmation d’un asservissement) et d’une stimulation biventriculaire permanente en éliminant la compétition avec le rythme spontané.

La programmation d'algorithmes déclenchant une stimulation (pseudo-VT) chez les patients en fibrillation auriculaire peut être inefficace car le rythme reste rapide et la fusion entre l'activation spontanée et la stimulation ventriculaire est souvent incomplète, voire absente (pseudo-fusion). 

L'ablation des veines pulmonaires et du substrat de l'oreillette gauche a été réalisée, bien que les résultats chez les patients souffrant d'insuffisance cardiaque, dont l'oreillette gauche est dilatée, soient sous-optimaux.

Il semble donc logique dans un premier temps d’essayer de restaurer puis de maintenir le rythme sinusal pour préserver la contribution atriale au remplissage et pour maintenir un régime de fréquence physiologique au repos comme à l’effort. Si cette stratégie échoue, il faut alors privilégier le contrôle de fréquence avec un traitement bétabloquant adapté et ne pas hésiter à proposer une ablation du faisceau de His si le résultat est incomplet, les patients avec conduction préservée et faible pourcentage de stimulation ne tirant pas bénéfice de cette thérapeutique.

Il est possible également de programmer un certain nombre d’algorithmes dont l’objectif est la prévention de la fibrillation auriculaire en se basant sur différents mécanismes : augmentation du pourcentage de stimulation atriale, réduction des pauses post-extrasytoliques, stimulation atriale non compétitive. Il n’existe pour l’instant aucune preuve de l’efficacité de ce type d’algorithme chez les patients resynchronisés.